根据劳动和社会保障部于2004年颁布的《集体合同规定》第53条规定。协调处理集体合同争议应当按照以下程序进行：
（1）受理协调处理申请：即由申请处理的一方或者双方向协调处理机构或者人员提交处理申请。协商机构或者人员在收到该申请时接受该申请。
（2）调查了解争议的情况：在受理申请后，协调机构或者人员应该对双方争议的事实进行调查，以便进一步进行处理。
（3）研究制定协调处理争议的方案：通过调查，掌握相关的资料。在已有资料的基础上，需要制定让双方都能接受的处理方案。
（4）对争议进行协调处理：制定方案后，对双方当事人进行协调处理，使其尽量接受协调方案：
（5）制作（协调处理协议书》：其中应当载明协调处理申请、争议的事实和协调结果，双方当事人就某些协商事项不能达成一致的，应将继续协商的有关事项予以载明。《协调处理协议书》由集体协商争议协调处理人员和争议双方首席代表签字盖章后生效。
